Arrêt maladie : lorsqu’un salarié tombe malade et se trouve dans l’incapacité de travailler, il bénéficie d’une protection financière à double niveau. La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) après un délai de carence de 3 jours, tandis que l’employeur est tenu de compléter ces indemnités pour maintenir partiellement le salaire selon les dispositions de la loi de mensualisation. Ce mécanisme combiné permet au salarié de percevoir entre 50% et 90% de sa rémunération habituelle selon son ancienneté et la durée de l’arrêt, un filet de sécurité indispensable mais dont les règles restent souvent méconnues.

Suivez ce guide pratique pour maîtriser les règles de l’arrêt maladie et éviter les erreurs de paie qui coûtent cher. Nous détaillons le calcul des IJSS versées par la CPAM, le délai de carence de 3 jours, les obligations de maintien de salaire par l’employeur selon la loi de mensualisation, l’articulation avec la prévoyance complémentaire et les formalités à respecter pour la DSN.

Sommaire

• Calcul des IJSS maladie
• Délai de carence de 3 jours
• Maintien de salaire employeur
• Articulation avec la prévoyance
• Conclusion

Calcul des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS)

Les indemnités journalières maladie sont calculées sur la base du salaire journalier de référence, lui-même déterminé à partir des 3 derniers mois de salaire précédant l’arrêt de travail (ou des 12 derniers mois en cas d’activité discontinue). Le salaire de référence est plafonné à 1,8 fois le SMIC mensuel soit 3 243,31 € brut en 2026. Le salaire journalier de base s’obtient en divisant ce salaire de référence par 91,25 (soit 365 jours / 4 trimestres). L’IJSS est ensuite égale à 50% de ce salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond journalier de 53,31 € brut en 2026 (soit environ 1 600 € par mois sur 30 jours).

Exemple de calcul : un salarié gagne 2 800 € brut par mois. Son salaire journalier de base est de 2 800 × 3 / 91,25 = 92,05 €. Son IJSS journalière s’élève à 92,05 × 50% = 46,03 € brut par jour calendaire (week-ends et jours fériés inclus). Les IJSS sont soumises à la CSG (6,2%) et à la CRDS (0,5%) soit 6,7% de prélèvements, ce qui donne une IJSS nette d’environ 42,94 € par jour. Pour un mois complet de 30 jours (hors carence), le salarié percevra donc environ 1 288 € net de la Sécurité sociale, à comparer à son salaire net habituel d’environ 2 200 €. L’écart doit être comblé par le maintien de salaire employeur et éventuellement la prévoyance.

Délai de carence de 3 jours

Le délai de carence est une période pendant laquelle aucune indemnité journalière n’est versée par la Sécurité sociale. Pour la maladie non professionnelle, ce délai est de 3 jours : les IJSS ne sont versées qu’à partir du 4ème jour d’arrêt. Concrètement, pour un arrêt maladie débutant le lundi 6 janvier, les jours de carence sont le lundi 6, mardi 7 et mercredi 8 ; les IJSS sont versées à compter du jeudi 9 janvier. En cas d’arrêts successifs pour une même affection de longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique qu’une seule fois par période de 3 ans.

Le délai de carence Sécurité sociale ne doit pas être confondu avec le délai de carence employeur pour le maintien de salaire. La loi de mensualisation prévoit un délai de 7 jours avant le déclenchement du complément employeur (voir section suivante). Pendant ces premiers jours, le salarié peut donc ne percevoir aucune rémunération si ni la convention collective ni le contrat de travail ne prévoient de disposition plus favorable. Certaines conventions collectives, dont Syntec, suppriment ou réduisent ces délais de carence pour les salariés ayant une ancienneté suffisante. L’accident du travail et la maladie professionnelle ne sont pas soumis au délai de carence CPAM : les IJSS AT/MP sont versées dès le lendemain de l’accident.

Maintien de salaire par l’employeur (loi de mensualisation)

L’article L.1226-1 du Code du travail impose à l’employeur de compléter les IJSS pour maintenir partiellement le salaire du salarié en arrêt maladie, sous réserve de trois conditions : un an d’ancienneté dans l’entreprise, avoir transmis le certificat médical sous 48 heures, et être pris en charge par la Sécurité sociale. Le maintien de salaire légal s’effectue selon un barème dégressif : 90% du salaire brut pendant les 30 premiers jours d’arrêt, puis 66,66% (deux tiers) pendant les 30 jours suivants. Ces durées sont augmentées de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours à 90% et 90 jours à 66,66% pour les salariés ayant 30 ans d’ancienneté et plus.

Le maintien de salaire s’effectue sous déduction des IJSS versées par la Sécurité sociale : l’employeur verse la différence entre le pourcentage de salaire garanti et les indemnités journalières. Ce complément employeur est soumis à cotisations sociales sur sa totalité. Exemple : un salarié avec 3 ans d’ancienneté gagnant 3 000 € brut est en arrêt 45 jours. Du 8ème au 37ème jour (30 jours), il perçoit 90% de 3 000 € = 2 700 € brut, dont IJSS (environ 1 400 € brut) et complément employeur (environ 1 300 € brut). Du 38ème au 52ème jour (15 jours), il perçoit 66,66% de 3 000 € = 2 000 € brut. Les 7 premiers jours constituent le délai de carence employeur pendant lequel seules les IJSS sont dues (à partir du 4ème jour).

Articulation avec la prévoyance complémentaire

Lorsque l’entreprise a souscrit un contrat de prévoyance collective incluant une garantie incapacité temporaire, les indemnités journalières complémentaires prennent le relais après la période de maintien de salaire légal ou conventionnel, ou complètent les garanties pour atteindre un niveau de revenu supérieur. La plupart des contrats de prévoyance prévoient une franchise de 30, 60 ou 90 jours avant le déclenchement des indemnités complémentaires, partant du principe que le maintien de salaire employeur couvre les premières semaines d’arrêt. Cette franchise permet de réduire le coût des cotisations de prévoyance.

Le montant des indemnités journalières de prévoyance est généralement exprimé en pourcentage du salaire brut, visant à maintenir 70% à 90% du salaire net après cumul avec les IJSS de la Sécurité sociale. Le contrat prévoit un plafond de durée d’indemnisation (généralement jusqu’à 1 095 jours soit 3 ans, limite de versement des IJSS maladie) et une articulation avec l’éventuelle pension d’invalidité si l’état de santé se consolide. La gestion administrative peut s’effectuer en subrogation : l’employeur perçoit directement les IJSS et les indemnités prévoyance, et verse au salarié un salaire maintenu reconstitué, simplifiant ainsi la compréhension du bulletin de paie.

Conclusion

En résumé, l’arrêt maladie se maîtrise en comprenant les trois niveaux de protection (IJSS 50% du salaire plafonné, maintien employeur 90% puis 66%, prévoyance au-delà), en respectant le délai de carence de 3 jours CPAM et 7 jours employeur, et en gérant correctement la subrogation sur la DSN. Ces trois piliers constituent le socle d’une gestion efficace des absences maladie. Vous avez désormais tous les éléments en main pour traiter correctement les arrêts de vos salariés.

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À lire ensuite sur notre blog : Comptabilité | Gestion sociale